子宮內膜異位症的治療方式，需要考慮以下幾項：年齡、症狀、是否生育過、未來是否考慮要生育、過去手術史、服用過的藥物。
其中年齡、症狀、以及是否要懷孕，是最重要的三個關鍵。另外，合併有卵巢巧克力囊腫的女性，也要檢查卵子庫存量檢查（AMH），來評估選擇治療的方式。
藥物治療的主要目的是改善疼痛症狀、抑制子宮內膜異位細胞生長、抑制體內女性荷爾蒙分泌（來減少女性荷爾蒙對子宮內膜異位細胞的刺激，進而抑制生長。）子宮內膜異位症的藥物治療可以分為傳統消炎止痛藥、或是荷爾蒙類藥物。荷爾蒙類藥物又可以分為：針劑、口服藥、子宮內投藥系統。
荷爾蒙針劑
針劑只有一種類型：長效型性腺激素釋放素促進劑（GnRH Agonist）。接受這個藥物治療後，體內會出現假性停經的症狀，所以也簡稱為「停經針」。傳統療程是一個月一劑，持續六個月，治療效果迅速，比較明顯的副作用是更年期的症狀，包含熱潮紅、盜汗、失眠、骨質流失等等。
子宮內投藥系統（藥物型避孕器）
子宮內投藥系統（同時也是藥物型的子宮內避孕器）可以治療子宮體子宮內膜異位症（子宮腺肌症）。藉由避孕器表面緩慢釋放黃體素，抑制女性荷爾蒙對子宮內膜異位細胞的刺激，來抑制子宮內膜異位症的生長。常見的副作用是使用頭六個月會有持續點狀出血，六個月之後就可以明顯的改善。少部分行房時，先生會抱怨不適感，回到門診調整就可以了。目前普遍有兩種劑型可以選擇，分別是「三年期的小蜜」（台灣於 2019 年暫停進口）、「五年期的大蜜」。該如何選擇，還是需要醫師個別評估。
荷爾蒙類口服藥
荷爾蒙類口服藥可分為「單純黃體素」、「雄性素」、「口服避孕藥（非核定適應症）」。可用來治療子宮內膜異位症的「單純黃體素」有很多種，常見的有 dienogest （Visanne®）、 medroxyprogesterone （Provera®）、progesterone （Utrogestan®）、dydrogesterone（Duphaston®）。前兩種是人工合成黃體素，後兩者是天然黃體素。治療的方式、劑量、效果都不一樣，副作用也不同，需要醫師個別評估。
可以用來治療子宮內膜異位症的「雄性素」有兩種：danazol （ Danol®）、gestrinone （Gestrin®）。這兩種藥物都是從男性荷爾蒙（也就是雄性素）合成來的，有抑制子宮內膜異位細胞生長的效果。與黃體素比較，會有長青春痘、體毛增多、聲音沙啞低沈的副作用，使用前需要經過醫師謹慎評估。
新型口服避孕藥通常包含雌激素與黃體素。臨床上，常用口服避孕藥來治療經痛（也包含懷疑子宮內膜異位症造成的經痛）。使用口服避孕藥治療子宮內膜異位症的原理是藉由其中的黃體素抑制子宮內膜異位症的細胞生長。
這個方式有幾點需要注意：第一、這不是藥廠說明單（仿單）上註明的適應症。簡單的說，就是藥廠沒有口服藥針對治療子宮內膜異位症的研究，但是臨床上沒有禁忌症，還是可以拿來治療子宮內膜異位症（這點請合併第三點看）；第二、高齡、有抽煙的女性不適合使用；第三、最新的研究發現，子宮內膜異位症的細胞會受到女性荷爾蒙的刺激而變得更嚴重，而且在部分持續使用避孕藥但是還是持續經痛的女性，都可以發現子宮內膜異位症的病兆（註一）。因此，從2017年開始，現在最新的觀念認為治療子宮內膜異位症，應該使用單純的黃體素治療。
小結：治療子宮內膜異位症，最佳藥物治療方式是單純黃體素治療。
資料來源：http://ivfli.blogspot.com/2018/01/endometriosis2018.html?m=1
