有性經驗的女性的子宮內膜異位症檢查方式通常包含骨盆腔內診、陰道超音波、以及抽血檢查。沒有性經驗的女性檢查方式包含腹部超音波、抽血檢查。骨盆腔內診可以檢查子宮大小、兩側卵巢是否有囊腫、或是骨盆腔是否有疼痛的結節（Tender Nodule）。內診發現子宮均勻變大，可以懷疑有子宮腺肌症；兩側卵巢如果有疼痛囊腫，可以懷疑有卵巢巧克力囊腫；骨盆腔如果有疼痛的結節，則可以認為有骨盆腔子宮內膜異位症。
超音波檢查是目前公認為最準確也最方便的檢查方式。超音波底下，如果發現子宮肌肉層後壁均勻增厚，則可以認為是子宮腺肌症；巧克力囊腫在超音波底下可以發現像是毛玻璃般的卵巢囊腫，也有人說是海灘上的沙子般的樣子，這是因為巧克力囊腫裡面的積血凝固形成瀰漫型的血塊，所以會有像是沙子般的影像；骨盆腔子宮內膜異位症則比較難從超音波診斷，多是內診發現的。
抽血檢查癌症指數：CA-125、CA-199 ，也是一種方式。懷疑子宮內膜異位症的女性，可以抽這兩個指數，來追蹤治療效果的好壞（但是不能作為確定診斷的依據）。一般來說，子宮內膜異位症的女性，這兩個癌指數大約在 100上下，少數會超過200以上，但是經過治療後都會下降。但是，如果超過1000以上，則需要儘早手術，已排除癌症的可能。
因為用超音波診斷相對來說方便、簡單、沒有輻射線，現在已經不使用電腦斷層或是核磁共振來診斷子宮內膜異位症。 簡單的說：檢查是否有子宮內膜異位症，最好的方式就是內診配合超音波檢查。
資料來源：http://ivfli.blogspot.com/2018/01/endometriosis2018.html?m=1
