子宮內膜異位症常會造成兩種問題：痛及不孕。
根據統計，不孕症的女性，大約有25～50％是子宮內膜異位症造成的；而子宮內膜異位症的女性，大約有30～50％無法自然懷孕。
子宮內膜異位症最常見的症狀就是痛，包含最常見的經痛、慢性下腹痛（骨盆腔疼痛）、或是性交痛。
經痛：一般來說，非病理性的經痛是從初經開始就會發生了。但是，子宮內膜異位症的經痛會隨著年紀逐漸變嚴重，而且使用藥物控制的效果越來越差。經痛嚴重的程度從每天都需要強效止痛藥，到生理期的時候都需要請假都很常見。
骨盆腔痛：子宮內膜異位症因為慢性發炎的關係，或是因為卵巢子宮內膜異位瘤（也就是巧克力囊腫）壓迫骨盆腔器官，所以會有慢性骨盆腔疼痛。這種痛不同於週期性的經痛，是緩慢而持續的，每天日以繼夜的痛。所以，子宮內膜異位症合併骨盆腔疼痛的女性，偶而也會伴隨著輕微憂鬱的精神不適。但是，這都是可以治療的。改善子宮內膜異位症之後，症狀也會大幅的改善，再也不需忍耐。
性交痛：子宮內膜異位症，不論是卵巢巧克力囊腫、或是子宮腺肌症，時常會伴隨著骨盆腔子宮內膜異位症（ＰＥ）以及深度浸潤性子宮內膜異位症（ＤＩＥ）。後兩者時常會造成骨盆腔沾黏、骨盆腔器官結構位移，所以行房時會造成特定位置的疼痛感，也就是所謂的性交痛。
少部分子宮內膜異位症女性，會合併有「腹瀉、排便困難、解尿困難」等症狀。這些症狀的成因是因為子宮內膜異位症侵犯到直腸、膀胱、或是骨盆腔肌肉等地方，所以會有生理期腹瀉的症狀。另外，少部分侵犯到膀胱的子宮內膜異位症女性，也會有血尿的症狀，因此跟隨生理期的週期性血尿，也需要懷疑是子宮內膜異位症。
綜合來說，子宮內膜異位症的女性常見的症狀有：不孕、經痛、骨盆腔疼痛、性交痛、生理期腹瀉、排便困難、解尿困難。
子宮內膜異位症的成因眾說紛紜，科學家提出了很多假設，其中「經血逆流」是廣為被大家所接受的一個理論。正常的月經來潮時，因為荷爾蒙改變的關係，子宮內膜沒有受到女性荷爾蒙以及黃體素的維持而剝落。剝落的子宮內膜合併子宮內膜微小出血，排出體外就是月經。經血如果沒有正常排出體外，而是經由輸卵管逆流到骨盆腔裡。大多數逆流的經血可以被身體自行吸收，但是有部分經血無法被吸收，最後附著在卵巢、輸卵管、或是骨盆腔表面，就會造成子宮內膜異位症。
因為子宮內膜異位症是經血逆流造成的，所以受到重力的影響，好發的部位都是體內深部的地方，譬如說子宮、卵巢、骨盆腔等。也因為是經血逆流，所以也會被體內女性荷爾蒙所影響，而有週期性的變化、特別是會有伴隨生理週期的週期性疼痛。
資料來源：http://ivfli.blogspot.com/2018/01/endometriosis2018.html?m=1
