川崎症急性期會有發燒多天的情況，發炎指數及白血球及一些代表感染的指標都會出現異常升高，的確很難與細菌感染性疾病作區別，
因此若未確診川崎症之前抗生素的使用是無可厚非，當確認診斷為川崎症且給予免疫球蛋白治療時應該停止使用所有的抗生素或是抗病毒藥物；
研究報告也指出川崎症病童合併的感染種類(經過證實的確有培養出特定種類的細菌或是病毒)與預後無明顯關聯，故感染的抗生素治療於川崎症是沒有必要性的治療；
臨床上我們的確治療過多個發炎指數（CRP:有高達385 mg/L）及白血球相當高(WBC: 28000/cmm3)的川崎症的病童，這些病童完全沒有使用任何的抗生素，只依照川崎症的標準治療 (高劑量免疫球蛋白及阿斯匹靈)，其癒後與一般川崎症並無差別。
但是有一些臨床症狀表現不典型的川崎症病童或是無法完全排除細菌感染的情形下，抗生素的使用是理所當然。
總之，典型川崎症無論發炎指數有多高或是發炎的指標有多異常應該可以只使用免疫球蛋白治療而無須額外的使用抗生素，然而無法確診或是非典型的川崎症個案及明顯合併感染的川崎症，抗生素的使用應依照臨床症狀及需求而定。
依照我們的經驗，當無法確診川崎症的情況發生時，可以會診兒童心臟科、兒童感染科、兒童過敏免疫風濕科、兒童皮膚科…等專科醫師加以討論，應該可以幫助早期診斷與治療，或許團隊醫療對川崎症的診斷、治療及照護會更有幫助!
