二代健保明年1月1日上路，改採雙軌制，尚未實施，已經引起滿城風雨。立法院社會福利及衛生環境委員會邀請邱文達進行「二代健保籌備情形專題報告」，立委批評聲不斷，邱文達只能低調回應「且戰且走」。
國民黨團決議版本要求衛生署下修健保費率、不課股票股利、利息收入調高到五千元才課徵。綠營立委站在質詢台上，抨擊健保費東扣西減，那麼短少的健保費缺口就該全部由政府埋單。
二代健保明年1月1日上路，除了現行月投保薪資計算的一般保費之外，另外，針對利息所得、股利所得以及獎金等六大項目，單筆收入只要超過課徵下限門檻，就要加收2%的補充保費。
台聯黨籍立委林世嘉拿出立法院預算中心的最新報告，直指二代健保補充保費收入，因為稽徵技術可能被高估，一旦費率由現行5.17%下降到4.91%，保費收入減少約207億，光靠補充保費也無法彌補缺口。
另外，報告還點出了補充保費草案中的7大爭議，首先、草案內容逾越母法授權，自我限縮僅以現金、據及可等值兌換現金的禮券才定義為「所得」，若以實物或除票據外的有價證券給付，則免繳補充保費，顯有不公。
其次為補充保費草案對獎金定義模糊，不利計收。補充保費草案排除股票股利，益顯不公。利息所得易化整為零而節費，補充保費可能高估收取數。
二代健保對兼職所得計收補充保費，已引起是否違憲議。無扣費義務人的執行業務收入，無法收取補充保費。租金收入易藉交易安排，規避繳納補充性保費。
邱文達則回應，家戶總所得制的稽徵成本太高，還招致等於成立「第二個國稅局」的批評，相較之下，二代健保的補充保費制度，已相對公平。至於保費費率、補充保費課徵下限門檻等問題，衛生署將在聽取各方意見後，進行財務評估，一併送行政院，由院方最後核定。
